Скажите пожалуйста, на таможне сканируют ли багаж ,если едем в автобусе в Одессу? На Паланке или Маяках?

Да сканируют. Все выходят с багажем на проверку.

Вчера ехали в Молдову на автобусе Паланка все выходили на сканер, рядом автобусы точно так же

За 4 года один раз всего сканировали это именно если в Украину въезжать.
В Молдову всегда проверяют.