А как это работают? Я региструю испанское ИП и перевожу деньги на русское или на испанское ИП с русской картой? Испания

Вы регистрируете ИП, подаёте ежеквартально Modelo 130 и ежегодно Modelo 100. Способ оплаты налога там выбирается.
Каким способом Вы получаете деньги и получаете ли вообще - налоговой не интересно. Их только поступление налогов интересует.

Вот при продлении ВНЖ через три года UGE спросит банковские выписки (из любого банка) за последние несколько месяцев и налоговые декларации за два последних года.

То есть я могу просто открыть испанское ИП, а отчисления мне все также на русское ИП приходить будет?

Так получится проблема с налогообложением и липовым местом жительства этого самого ИП