У меня два паспорта, канадский и российский, вылетать буду из Канады, как я понимаю я могу въехать во Вьетнам по российскому на 45 дней, вопрос на какой паспорт покупать билет из Канады во Вьетнам и могу ли я так прилететь?

Абсолютно без разницы. Показать на границе можно любой паспорт, неважно, что в билете
Покупать - на любой. Это никак не связано с пересечением границ

Для Вьетнам все равно, интересно как для Канады, ведь при вылете показываешь канадский паспорт, а билет на российский?

Пограничник и работник стойки регистрации - разные люди из разных ведомств

Работник стойки регистрации, может не дать посадочный талон и не зарегистрировать на рейс.