Хм, у меня паспорт до 24 года, а CoE на пять лет выдали, правильно понимаю, что срок действия паспорта никак не влияет? Япония

Не влияет, при въезде вам дадут карту резидента со сроком на 5 лет, обновите паспорт когда нужно и все, карта отдельно

Кстати при продлении рабочей визы активный паспорт же не нужен?