В NHR написано, что часть доходов, полученных извне Португалии - облагаются по ставке 0% - подпадает ли сюда перечисления по договору подряда из USA? Португалия

Если у пт есть двойное с usa и эти доходы уже обложены в штатах налогом на доходы, то да

Нет

Нет

Т.е. доходы по договору подряда будут по ставке 20%?

Да, только список проверьте, на соответствие. И вы должны сначала стать ИП