Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, при выезде из Эстонии( прилет в Латвию из др страны Шенгена), нужна ли электронная регистрация в Эстонии?

Регистрация для чего? Бронь нужна на границе, чтобы выехать на машине.

Извините, не ясно написала
В Латвии по въезде и на выезде проверяют электронную регистрацию о целях пребывания в стране
Нужна ли такая в Эстонии при выезде ?

Нет, в Эстонии это не требуется