Добрый день! Нужен совет на какой паспорт брать билет из калининграда, человеку имеющему гражданство Австрии и России?

На Российский

Здравствуйте. Поясняю.. Вы как гражданин РФ въезд же был по заграничному паспорту РФ - это точно. Поэтому выезд как гражданину РФ осуществляется по заграничному паспорту РФ - въезд в ЕС по документу ЕС ( Австрия).
Вопрос.. гражданство Австрии? Может документ на основании которого Вы проживаете? Но это не гражданство Австрии- и если так , то не корректно писать - гражданство РФ и гражданство Австрии. - ПМЖ, ВНЖ для официального пребывания в ЕС.

На любой. Границу с РФ Вы проходите только по паспорту РФ, а билет может быть на любой паспорт.