Подскажите пожалуйста, значит ли это, что заявку на продление пермита можно подать только раз? Если один раз получил отказ из-за отсутствия в Канаде, смогу ли подать еще раз имея валидный пермит и находиться там? Дадут ли maintained status опять, чтобы можно было работать после окончания wp?

Подать можно только один раз. Если вы подавали заявку после вступления в силу новой полиси и получили отказ, подать повторно нельзя
Можете попробовать переподать, но тут на ваш риск

Я подавал до 31 Марта 2026, до вступления в силу новой полиси, по старой полиси нужно було находиться в Канаде только на момент подачи, но мою заявку рассмотрели уже по новым правилам и пермит не дали.

Тогда подавайте документы по новой полиси, находясь всё время в Канаде.
С этими изменениями каждый офицер понимает их по-своему, и доказать что-либо почти нереально…