Здраствуйте Японскую мульти визу с первого раза получить возможно из Индонезии?

Нет. В первый раз на 15 дней однократная , далее от 2 до 5 лет в зависимости какой у вас статус в Индонезии

А если виза д12, можно подаваться через индонезию на визу в японию?

Нет. Нужны E28 или E33