Скажите, пожалуйста, как правильно считать дни пребывания в России, лицу без гражданства с серым паспортом Эстонии? Это 90 дней в календарном году с 1.01 по 31.12 или с момента въезда год?

В календарном году , с 1 января по 31 декабря .

Если лицо без гражданства с серым паспортом Эстонии уже прожил в России 89 дней и выехал, но один день оставил на случай, вдруг надо заехать и конечно, он в день заезда не успеет подать на продление, у него основания- брак с гражданкой РФ. Можно ли это сделать через консульство не въезжая или въехать и подать в России? Может штраф дадут какой-то
А как правильно считать? Допустим 01.01 по 03..01 -
это 2 дня или 3?

Если въехал 1 января , это этот день уже засчитается . Выехал 3 января ( пересек границу РФ), то получается срок пребывания 3 дня .