Добрый день! Подскажите пожалуйста, лучше начать путешествие, прилетев сначала в Фергану , а потом посмотрев города в долине, поехать в Ташкент и там выделить 3 дня на город и оттуда улететь? Или наоборот, сначала Ташкент, а затем в Фергану?

Я бы лучше посетила Самарканд и Бухару.

Уже были там. Самарканд-Бухара-Хива. Теперь хочется побывать в Ташкенте и в Ферганской долине, чтобы природой ещё насладиться

Начните с Ферганы, имхо. Если захотите остаться там подольше, то сможете урезать Ташкент.
Там точно кроме Маргеллана с шелком обязательно надо в Риштан к мастерам керамики Алишеру Назирову и Рустаму Умарову.
Коканд тоже стоит - просто погулять.
А как добраться в долине до природы? Какие конкретно места? Или это перевал, который я только что весь проспал в поезде? )

Я передвигался так: Фергана несколько дней по своим делам, такси до Маргеллана,в этот же день такси до Риштана и маршрутка до Коканда, день в Коканде и поезд до Ташкента.