Подскажите, если у меня 2 отдельных рейса (не пересадка), из Киева в Дубаи и потом уже в Джакарту, нужно ли там сдавать дополнительно пцр? Или подойдёт украинский пцр? Остров Бали, Индонезия

Смотря сколько времени проведёте в Дубаи

ПЦР считается действительным по-моему 72 часа

Для влёта в Индонезию действие ПЦР - 72 часа с момента сдачи теста.
По поводу Дубая всё зависит от правил влёта для Дубая и от того, сколько вы там пробудете времени.