Прилетела в Токио 4 марта, с того момента на сайте изменений в правилах нет, так что может будет полезно.

За 72 часа до вылета сделала пцр в СклифЛабе в Москве (они знают как заполнять японский бланк, у них эти бланки даже есть распечатанные).
В Ханеда после проверок посадили на автобус отвезли в отель на три дня, не считая день въезда. То есть на четвёртый день сделали утром пцр - результат отрицательный - посадили снова на автобус и отвезли обратно в Ханеда, где отпустили. В приложении на этот день (4ый) уже показывает, что это последний день карантина. Я честно говоря забила и в этот раз даже домой на метро доехала. На 5ый день в приложении карантин был показан как оконченный, удалила приложение.

Для тех, кто привит одобренными прививками: карантин-самоизоляция у себя дома на три дня. С последующей сдачей пцр за свой счёт. Больше деталей не уточняла. Япония